ESTUDIO DE LA DESREGULACIÓN DE LOS TRANSPOSONES EN EL CARCINOMA EPIDERMOIDE, EL ADENOCARCINOMA Y EL CARCINOMA MICROCÍTICO DE PULMÓN: EN BUSCA DE NUEVOS BIOMARCADORES.
AUTORES
M. Arroyo Varela, R. Larrosa Jiménez, M.G. Claros Díaz, J. Gómez Maldonado, R. Bautista Moreno
INTRODUCCIÓN
El cáncer de pulmón es el más frecuente y mortal. Es importante encontrar biomarcadores que nos ayuden al diagnóstico precoz, pronóstico y tratamiento dirigido. Aunque muchas investigaciones se centran en encontrar alteraciones en genes, estos suponen un 2% del genoma humano, el 98% restante está formado por ADN no codificante. De este, el 45% está formado por elementos repetitivos móviles o transposones. En este estudio vamos a estudiar cómo se afectan los transposones en los 3 tipos principales de cáncer de pulmón.
METODOLOGÍA
Hemos estudiado la expresión diferencial de los transposones entre tejido sano y tumoral de pacientes con adenocarcinoma (LAC), carcinoma epidermoide (SqCC) y carcinoma microcítico de pulmón (SCLC). Hemos secuenciado 8 pacientes con LAC y 8 con (SqCC) intervenidos en el HR de Málaga gracias a las becas Neumosur 12/2015 y 14/2016. Para el SCLC hemos accedido a través del NCBI a la secuenciación de 17 pacientes. Hemos estudiado tejido sano y tumoral. Se han analizado con un flujo de trabajo bioinformático específico que conlleva preprocesar las lecturas, alinearlas al genoma humano de referencia, determinar la expresión de los transposones en cada una de las muestras, y calcular la expresión diferencial de los mismos al comparar el tejido sano y tumoral.
RESULTADOS
Primero hemos analizado los transposones que presentan expresión diferencial entre tejido tumoral y sano en cada uno de los tipos histológicos estudiados por separado. En los pacientes con LAC se han dado encontrado 7 transposones diferencialmente expresados (TDE), 5 sobreexpresados (ALR_Alpha, HERVL18-int, LTR54B, MER136 y MER65-int) y 2 reprimidos (LTR18B, MSR1). En SCLC se han encontrado 72 TDE, 36 son ERV de clase LTR, 15 transposones de ADN, 6 SINE, 5 LINE (L1MEa, L1M2a1, CR1_Mam, L1M3a y L1PA12), 3 satélites y 5 de clase desconocida. En SqCC hemos obtenido 12 TDE, 8 sobreexpresados (REP522, HERVL18-int, LTR1B1, LTR18A, LTR7Y, LTR52-int, L1P4b, MER34-int) y 4 reprimidos (LTR18B, HERV1_LTRc, L1MEa, UCON34). Hemos encontrado que HERVL18-int y LTR18B son comunes a los tres tipos de cáncer estudiados y se expresan en el mismo sentido. LTR54B y MER65-int se expresan en LAC de forma opuesta a los otros 2 cánceres en la mayoría de los pacientes, siendo especialmente interesante LTR54B para diferencial entre LAC y SCLC. L1P4b no aparece en SCLC, se sobreexpresa en SqCC y no presenta expresión diferencial en LAC. HERV1_LTRd, UCON67, MER75A y UCON88 son específicos de SCLC, no presentando expresión en el resto de tumores estudiados. De estos, MER75A y UCON88 se encuentran sobreexpresados en el tejido tumoral con respecto al sano y HERV1_LTRd y UCON67 reprimidos.
CONCLUSIONES
Los transposones se reprograman específicamente en células de cáncer de pulmón con respecto a células normales. La reprogramación de los transposones conducido por los cambios oncogénicos debe ser un nuevo campo de investigación y su uso como fuente de biomarcadores debe ser un nuevo sello distintivo del cáncer.
