Autores
M. Arroyo Varela, E. Salcedo Lobera, R. Larrosa Jiménez, R. Bautista Moreno, M.A. Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
Introducción
El cáncer de pulmón tiene una elevada prevalencia y mortalidad. Su factor de riesgo más importante para su desarrollo es el tabaquismo. Dentro de los tipos histológicos de cáncer de pulmón, el adenocarcinoma constituye en la actualidad el más frecuente. Aunque su incidencia es mayor en población fumadora, el adenocarcinoma tiene la particularidad de ser el tipo histológico más frecuente en población no fumadora. Por tanto, resulta interesante poder valorar qué alteraciones genéticas se producen en éste tumor y cuáles de ellas pueden ser atribuibles a éste hábito tóxico.
Metodología
Hemos podido acceder a la secuenciación de 50 pacientes con adenocarcinoma pulmonar, de los que disponemos tanto de muestra tumoral como de muestra sana pulmonar del mismo paciente, para así evitar la diferencia interindividual que pueda existir no atribuible a la enfermedad. De esto 50 pacientes, 22 son fumadores o exfumadores y 28 nunca fumadores. Se han procesado las muestras siguiendo un flujo de trabajo bioinformático elaborado en nuestro laboratorio de investigación que consiste en la limpieza de las secuencias de RNA-seq, el alineamiento al genoma humano de referencia, el cálculo de expresión diferencial de cada paciente y finalmente la comparación entre ambos pacientes (fumadores y no fumadores) para conocer qué alteraciones génicas son atribuibles al tabaquismo.
Resultados
Hemos detectado 3685 genes con expresión diferencial significativa entre el tejido sano y tumoral de los pacientes fumadores, y 3325 en los pacientes nunca fumadores. Ambos conjuntos tienen en común 2227 genes, que se expresan de forma diferencial significativa tanto en los fumadores como en los no fumadores.
De estos 2227 genes comunes se han buscado aquellos mas distintos entre ambos grupos (fumadores vs no fumadores), encontrado 10 genes con una diferencia en valor absoluto mayor de 3 entre el log2FC en fumadores y el log2FC de los no fumadores.
Conclusiones
Hemos demostrado que existen genes que se expresan solamente en el adenocarcinoma de aquellos pacientes que han tenido o tienen relación con el hábito tabáquico y no se expresan en los pacientes que no presentan este factor de riesgo, lo que implica su relación con el tabaquismo. Conocer éstas alteraciones génicas nos sirve de ayuda para aumentar nuestro conocimiento sobre ésta enfermedad, así como las posibles terapias a tratar.
