ESTUDIO DE EXPRESIÓN GÉNICA EN CÁNCER DE PULMÓN. COMPARACIÓN ENTRE ADENOCARCINOMA, CARCINOMA EPIDERMOIDE Y CARCINOMA MICROCÍTICO.
AUTORES
M. Arroyo Varela, R. Larrosa Jiménez, R. Bautista Moreno, J. Gómez Maldonado, J.L. de la Cruz Ríos, M.A. Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
INTRODUCCIÓN
El cáncer es una pandemia del siglo XXI. Se conoce como una enfermedad multicausal, pero sin duda la genética es uno de los pilares básicos para su aparición. El cáncer de pulmón es en la actualidad el más frecuente en el mundo y el más mortal, siendo los tipos histológicos adenocarcinoma, carcinoma epidermoide y microcítico los más frecuentes.
Dilucidar los perfiles de expresión génica entre los distintos cánceres puede ayudar a su diagnóstico, pronóstico y tratamiento.
METODOLOGÍA
A partir de los datos de muestras tumorales y de tejido sano adyacente de adenocarcinoma (muestra local), microcítico y epidermoide (muestra local), de 7, 14 y 8 pacientes respectivamente, se ha realizado un análisis de expresión mediante la técnica de secuenciación RNA-seq. Los resultados han sido procesados con un flujo de trabajo que conlleva la limpieza de las secuencias, el mapeo contra el genoma humano de referencia hg38, y el cálculo de la expresión diferencial entre ambos tejidos utilizando el pipeline tuxedo, que incluye la ejecución de cufflink para medir la expresión, cuffdiff para comparar las distintas expresiones, y cummerbund, paquete de software estadístico R. Una vez obtenidas todas las expresiones diferenciales, se ha comparado los resultados obtenidos entre los distintos cánceres en estudio.
RESULTADOS
Hemos encontrado 4863 genes diferencialmente expresados (genesDE) en cáncer microcítico, 2853 en adenocarcinoma y 3686 en epidermoide, entre el tejido tumoral y sano adyacente. Al indicar como distintos los que tienen una diferencia en el cambio de expresión ABS(FClog2(muestra1)-FClog2(muestra2)) mayor o igual que 4, encontramos entre microcitico y adenocarcinoma 70 genes, entre microcitico y epidermoide 43, y entre adenocarcinoma y epidermoide 18. Se han comparado cada uno de ellos con los otros dos, manteniendo esa diferencia en el nivel de expresión entre el que se compara (muestra1) y los otros dos (muestras 2 y 3), es decir, seleccionando los genes que cumplen la siguiente fórmula: ABS(FClog2(muestra1)-FClog2(muestra2))>=4 Y ABS(FClog2(muestra1)-FClog2(muestra3))>=4. De esta forma encontramos 5 genes que en adenocarcinoma se expresan de forma distinta a los otros dos tipos histológicos de tumor (C4BPB, IYD, MSLN, TMC5, TRDN). En epidermoide encontramos 4 genesDE con una expresión muy distinta al del resto (AZGP1, HSPB3, MSLN, TP63), y en microcítico hemos encontrado 11 genesDE con perfiles de expresión característicos distintos al de los otros dos tipos cáncer (ADCYAP1, AKR1C1, AKR1C2, AKR1C3, ALDH3A1, GPA33, LAMB3, MSLN, PRAME, TARP, TUBA1A)
CONCLUSIONES
Hemos encontrado una serie de genes que se expresan de forma diferencial entre distintos cánceres, ofreciendo la oportunidad de ser la base para desarrollar nuevos métodos diagnósticos o terapias dirigidas frente a dianas aún desconocidas.
Proyecto financiado por Becas Neumsour 12/2015 y 14/2016
