Autores
M. Arroyo Varela, R. Larrosa Jiménez, R. Bautista Moreno, J. Gómez Maldonado, J.L. de la Cruz Ríos, M.A. Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
Introducción
El cáncer de pulmón es la causa más frecuente de muerte por cáncer en el mundo. Muchos pacientes se diagnostican en estadios avanzados de la enfermedad, lo que limita las opciones terapéuticas. Únicamente una pequeña proporción de pacientes (5-7%) son candidatos para tratamientos con dianas terapéuticas. Durante su tratamiento aparecen resistencias, por lo que hay que seguir buscando nuevas opciones terapéuticas, basadas en nuevos mecanismos implicados en el desarrollo del cáncer.
Los transposones son secuencias de ADN capaces de moverse por el genoma de manera autosuficiente. Son la base de la evolución del genoma humano y muchas enfermedades, como el cáncer, son consecuencia de su actividad. Los objetivos consisten en determinar la importancia de los transposones en el cáncer de pulmón, conocer la regulación de la expresión en los tejidos normal y tumoral, conocer los transposones que se expresan diferencialmente entre los tejidos tumoral y sano para proponerlos como biomarcadores que faciliten el diagnóstico y el pronóstico del cáncer.
Metodología
Se ha secuenciado RNA total del tejido tumoral y sano adyacente de 8 pacientes intervenidos en el Hospital Regional de Málaga de adenocarcinoma de pulmón. Se han analizado con un flujo de trabajo bioinformático específico que conlleva preprocesar las lecturas, alinearlas al genoma humano de referencia, determinar la expresión de los transposones en cada una de las muestras, y calcular la expresión diferencial de los mismos al comparar el tejido sano y tumoral de cada paciente.
Resultados
Contrariamente a lo esperado, el nivel de transposición global no cambia entre el pulmón sano y el adenocarcinoma. Sin embargo, sí se han encontrado 7 transposones con expresión diferencial significativa: 5 se sobreexpresan en las células del adenocarcinoma y los otros 2 en las células sanas del pulmón. Lo más interesante es que todos los que pertenecen al tipo ERV tienen un gran potencial biomarcador, al encontrarse en todos los pacientes con una expresión del mismo signo.
Conclusiones
Hemos desarrollado un flujo de trabajo automático para analizar la expresión de los transposones. Los datos presentados apoyan la hipótesis de que la célula tumoral sigue manteniendo bajo un estrecho control a los transposones. Sin embargo, sí se han detectado 7 transposones cuya expresión cambia significativamente entre tejido pulmonar sano y el adenocarcinoma de pulmón.
Llama la atención que 4 sean de tipo retrovirus endógeno (ERV) con un gran potencial como biomarcadores, cuando hasta ahora se pensaba que eran los L1 los más importantes en las células tumorales. Esto supone un gran hallazgo que abriría la puerta al diseño de biomarcadores específicos de adenocarcinoma de pulmón, pudiendo ser un punto de partida a la hora de personalizar el tratamiento terapéutico y mejorar las técnicas diagnósticas y pronósticas.
Proyecto financiado por Beca Neumsour 12/2015
