Autores
M. Arroyo Varela, R. Larrosa Jiménez, R. Bautista Moreno, J. Gómez Maldonado, J.L. de la Cruz Ríos, M.A. Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
Introducción
El cáncer de pulmón constituye la causa más frecuente de cáncer en el mundo y la más mortal, con una tasa de supervivencia a los cinco años del 16%. El adenocarcinoma, supone en la actualidad el tipo histológico más frecuente y el que afecta con mayor frecuencia a la población no fumadora. La tendencia actual es intentar identificar dianas terapéuticas para hacer un tratamiento dirigido frente a ellas.
Metodología
Se han analizado mediante la técnica de RNA-seq el tejido tumoral y sano adyacente de 7 pacientes intervenidos de adenocarcinoma pulmonar en el Hospital Regional Universitario de Málaga, gracias a la Beca Neumosur 12/2015. Los resultados han sido procesados con un flujo de trabajo que conlleva la limpieza de las secuencias, el mapeo contra el genoma humano de referencia hg38, y el cálculo de la expresión diferencial entre ambos tejidos utilizando el pipeline de tuxedo, que incluye la ejecución de cufflink para medir la expresión, cuffdiff para comparar las distintas expresiones, y cummerbund, paquete de software estadístico R.
Resultados
Hemos identificado 2853 genes diferencialmente expresados (genesDE) entre tejido tumoral y sano adyacente. De estos, 18 presentan una expresión diferencial medida como veces de cambio (FClog2) >7 en valor absoluto, lo que indica que en un tejido se expresa 128 veces más que en el otro. De estos 18, 4 están reprimidos en tejido tumoral y 14 sobreexpresados.
Entre los genes encontrados 6 son ya conocidos en cáncer de pulmón (PRAME,COL11A1,BPIFA1,CYP24A1,CA9,AKR1B10), 8 son conocidos en cáncer (HBA1,HBA2,ALAS2,eEF1A2,CALCA,SYT12,SPINK1,FAM83A) y 4 son nuevos en relación con el cáncer (RNU1-4,PAEP,CLPSL2,LOC102724557).
RNU1-4 ha sido usado como gen de referencia en cáncer de próstata.
Conclusiones
Cada día está adquiriendo mayor importancia la genética a nivel de cáncer de pulmón, siendo importante dilucidar sus peculiaridades, tanto para el diagnóstico como para el tratamiento, pudiendo ser la base para desarrollar nuevos métodos de diagnóstico menos cruentos que los actuales, o nuevas terapias que pudieran dirigirse a dianas aún desconocidas. Por éste motivo, poder disponer de genes diana se hace indispensable. En este trabajo hemos identificado una serie de genes que podrían cumplir esta última característica, siendo los más adecuados como base para el diseño de nuevos biomarcadores.
Proyecto financiado por Beca Neumsour 12/2015
