Autores
M. Arroyo Varela, R. Larrosa Jiménez, R. Bautista Moreno, J. Gómez Maldonado, J.L. de la Cruz Ríos, M.A. Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
Introducción
La genética está adquiriendo, en los últimos años, una importancia crucial en medicina. Desde la secuenciación del genoma humano completo, se han realizado multitud de estudios para buscar la relación entre las variaciones génicas y la enfermedad. El cáncer es una de las patologías donde más esfuerzos se están realizando, siendo el cáncer de pulmón uno de los más estudiados por su elevada incidencia y mortalidad. El carcinoma epidermoide, junto con el adenocarcinoma, son los tipos histológicos más frecuentes. Los estudios se centran en encontrar dianas claves contra las que poder actuar, o características diferenciales que nos puedan ayudar a la hora del diagnóstico. En éste trabajo estudiaremos el perfil de expresión del carcinoma epidermoide de pulmón.
Metodología
Hemos realizado la secuenciación mediante RNA-seq de 8 pacientes intervenidos de carcinoma epidermoide de pulmón en el Hospital Regional Universitario de Málaga. Para mayor fiabilidad del estudio, hemos secuenciado tanto tejido tumoral como sano de los pacientes, evitando así la variabilidad individual que puede haber entre los distintos individuos. Éste estudio se ha podido realizar gracias a la beca Neumosur 14/2016. Los resultados han sido procesados con un flujo de trabajo que conlleva la limpieza de las secuencias, el mapeo contra el genoma humano de referencia hg38, y el cálculo de la expresión diferencial entre ambos tejidos utilizando el pipeline de tuxedo, que incluye la ejecución de cufflink para medir la expresión, cuffdiff para comparar las distintas expresiones, y cummerbund, paquete de software estadístico R.
Resultados
Hemos encontrado 3686 genes diferencialmente expresados (genesDE) entre tejido tumoral y sano adyacente de carcinoma epidermoide. De los genesDE identificamos 34 que se expresan en el tejido tumoral y no en el sano, de los que sólo 3 (HOXA11-AS, HOXC13, HOXC13-AS) se expresan en todas las muestras de tejido sano. Además, existen 5 genes con un cambio de expresión (FClog2) >9 (AMTN,KRT6C,MAGEA4,CALML3,CTCFL) y 6 con FClog2<-5 (CHIAP2,RPL13AP17,CD300LG,SLC6A4,TMEM100,LOC102724736). Los genes con mayores cambios de expresión, HOXC13 y HOXA11-AS, ya han sido descritos como promotores de la proliferación del adenocarcinoma de pulmón.
Conclusiones
En este estudio hemos podido identificar una serie de genes cuyo cambio de expresión está relacionado con el cáncer de pulmón, por lo que podremos entender mejor el origen y evolución del cáncer.
Proyecto financiado por Beca Neumosur 14/2016
