Autores
M. Arroyo Varela, R. Carmona Muñoz, J. Torres Jiménez, R. Bautista Moreno, R. Larrosa Jiménez, J.L de la Cruz Ríos, M.A. Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
Introducción
Los análisis de expresión génica necesitan el uso de genes de referencia (GR) para normalizar las mediciones. Idealmente, los GR deberían expresarse de forma más o menos constante en todos los tejidos estudiados y por eso se suelen utilizar genes de mantenimiento (housekeeping genes). Pero se ha demostrado que son menos invariantes de lo que se pensaba. Los experimentos de RNA-seq se pueden convertir en la fuente principal de confirmación de los candidatos a genes de referencia en un experimento concreto.
Metodología
Los datos de RNA-Seq de pulmón sano y de tumor de 17 pacientes con carcinoma microcítico de pulmón descargados del NCBI (National Center for Biotechnology Information) y los de los 50 pacientes con adenocarcinoma de pulmón descargados del EGA (European Genome Archive) se han preprocesado y mapeado como hemos descrito en otros pósteres de este congreso. A continuación hemos aplicado un algoritmo nuevo basado en el cálculo del coeficiente de variación (CV) para seleccionar los genes que tienen un CV menor del 15% o 20%, y cuyo número de lecturas por transcrito y condición sea mayor de 7.500 o 10.000, para seleccionar los GR más estables y con mayor nivel de expresión.
Resultados
Si ponemos como condiciones el tener al menos 10.000 lecturas y un CV < 15%, encontramos 7 genes en adenocarcinoma, y 3 en microcítico. Si subimos el CV al 20%, entonces encontramos 459 en adenocarcinoma y 21 en microcítico. Si mezclamos los dos tumores y el tejido normal entonces encontramos 27 genes con CV al 20% y sólo uno al 15%. Entre los genes encontramos algunos ya conocidos por su estabilidad en la expresión en otros cánceres, como el ZNF26 o el ZNF556 (proteínas de dedo de zinc).
Conclusiones
Se ha amplliado el conjunto de genes de referencia para dos tipos de cáncer de pulmón, adenocarcinoma y microcítico, lo que posibilita hacer estudios más detallados y simultáneos sobre la expresión del resto de genes en ambos tipos de tumores. El CV se ha puesto más alto de lo deseado (20%), ya que la expresión es más variable en el tejido tumoral, siendo más estable en el tejido normal.
