Autores
M. Arroyo Varela, J. Torres Jiménez, R. Bautista Moreno, R. Larrosa Jiménez, J.L de la Cruz Ríos, M.A Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
Introducción
El adenocarcinoma constituye el tipo histológico más frecuente de cáncer de pulmón. Los transposones son secuencias de ADN capaces de moverse por el genoma de manera autosuficiente.
Conocemos que en el adenocarcinoma se alteran los patrones de transposición. En este estudio comparamos muestras de dos poblaciones distintas, una asiática y otra local, para ver si el cambio de expresión de los transposones se debe al tipo histológico de tumor o puede estar condicionada por las variantes poblacionales.
Metodología
Se ha realizado RNA-seq de 7 pacientes intervenidos de adenocarcinoma pulmonar en el Hospital Regional de Málaga. Se han comparado con los datos de RNA-seq de 50 pacientes asiáticos descargados del NCBI (National Center for Biotechnology Information). En ambos casos contamos con lecturas de tejido tumoral de pulmón sano del mismo paciente. Hemos diseñado un flujo de trabajo que conlleva la limpieza de las secuencias, el mapeo contra el genoma humano de referencia hg38 y posteriormente hemos buscado la expresión diferencial de los elementos repetitivos con el paquete EdgeR de R para encontrar la expresión diferencial en los dos estudios y finalmente hemos comparado los resultados obtenidos en adenocarcinoma de ambas poblaciones.
Resultados
En los pacientes intervenidos en nuestro hospital hemos encontrado 8 transposones (ALR-Alpha, HERVL18-int, LTR18A, LTR18B, LTR54B, MER136, MER65-int, MSR1) con expresión diferencial significativa (p < 0,05). Hemos encontrado 6 transposones (ALR-Alpha, HERVL18-int, LTR18A, LTR18B, LTR54B, MER65-int) que coinciden en ambas poblaciones. Aunque los grupos estén desequilibrados (50 asiáticos frente a 7 europeos), 6 de los 8 transpones coinciden en las dos poblaciones y además se expresan en el mismo sentido.
Conclusiones
Los resultados sugieren que no existen grandes diferencias entre la expresión de transposones de ambas poblaciones, por lo que es más probable que esté más relacionada con el tipo histológico de tumor que con los polimorfismos de la población, lo que supone un hallazgo importante de cara al diagnóstico, pronóstico y tratamiento de este tipo de tumor.
Trabajo financiado por la beca Neumosur 12/2015
