Autores
M. Arroyo Varela, J. Torres Jiménez, R. Bautista Moreno, R. Larrosa Jiménez, J.L de la Cruz Ríos, M.A Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
Introducción
En otra comunicación hemos demostrado que la transposición no está desregulada en el cáncer, y que existe cierto nivel de expresión diferencial. A pesar de que en el cáncer de pulmón hay poco estudiado aún en relación con los transposones, con el presente estudio queremos mostrar cómo se comportan los transposones en dos tipos principales de cáncer de pulmón: el microcítico y el adenocarcinoma.
Metodología
Partimos de los datos de RNA-seq de muestras tumorales y sanas de 17 pacientes con carcinoma microcítico y 50 con adenocarcinoma de pulmón descargados del NCBI (National Center for Biotechnology Information) y del EGA (European Genome Archive), respectivamente. Tras aplicar el flujo de trabajo que comprende la limpieza de las secuencias y el mapeo contra el genoma humano de referencia hg38, hemos utilizado el programa RepEnrich junto a la base de datos Repeatmasker para encontrar la expresión de los elementos repetitivos. El mapeo lo hemos analizado con el paquete EdgeR para detectar expresión diferencial. Finalmente, hemos comparado los resultados obtenidos en los dos tipos de tumores para obtener los que se expresan en ambos.
Resultados
Encontramos expresión diferencial en cada uno de los individuos analizados cuando miramos los transposones concretos. Cuando los agrupamos por tipo de cáncer encontramos 21 transposones con expresión diferencial significativa en adenocarcinoma y 129 en microcítico. Si consideramos las dos enfermedades a la vez, se observan que siguen encontrándose 15 que se expresan diferencialmente en ambos cánceres. Resulta llamativo en esta última comparación que la expresión diferencial se produce en el mismo sentido en todos ellos menos en el caso de los elementos repetitivos LTR54B y MER65-int, que se sobreexpresan en adenocarcinoma y se reprimen en microcítico.
Conclusiones
Con este estudio hemos encontrado transposones con expresión diferencial significativa, dos de ellas en sentido opuesto, en adenocarcinoma y microcítico lo que podría servir al menos como factor diferenciador. Además, el conocimiento de esta expresión puede ser usada en un futuro para nuevos métodos pronósticos y terapéuticos.
