Autores
M. Arroyo Varela, J. Torres Jiménez, R. Bautista Moreno, R. Larrosa Jiménez, J.L de la Cruz Ríos, M.A Cobo Dols, M.G. Claros Díaz
Introducción
Los transposones o elementos móviles, son secuencias de ADN capaces de moverse de manera autosuficiente de un lugar a otro en el genoma. Se estima que el 70% del genoma humano ha sido generado por su actividad. Al moverse provocan distintos fenómenos genéticos, pudiendo interrumpir genes, provocar mutaciones por la sobreexpresión de un gen cercano, o incluso arrastar un gen, o un trozo del mismo, de un cromosoma a otro, alterando la cantidad de ADN contenido en el genoma. Su activación se ha descrito en numerosas enfermedades, entre ellas el cáncer.
Metodología
Se han descargado del NCBI (National Center for Biotechnology Information) y del EGA (European Genome Archive) las secuenciaciones de ARN de muestras tumorales y sanas de 17 pacientes con carcinoma microcítico de pulmón, 50 con adenocarcinoma de pulmón y 28 con cáncer de próstata. Se ha realizado un procesamiento bioinformático completo con el programa SeqTrimNext para limpiarlas, Bowtie1 para realizar el mapeo sobre el genoma humano de referencia hg38, y luego RepEnrich junto a la base de datos RepeatMasker para determinar la expresión de los elementos repetitivos como indicador de la expresión de los transposones.
Resultados
No hemos encontrado que la actividad transposónica global sea significativamente más alta o más baja entre tejido tumoral y sano adyacente en los tres cánceres estudiados. Sin embargo, existen transposones individuales con una expresión por encima o por debajo del tercer cuartil, lo que sugiere la presencia de expresión diferencial entre el tejido sano y el canceroso.
Conclusiones
Se piensa que en el cáncer hay una elevada actividad de transposición. Sin embargo, en contra de lo esperado, hemos encontrado que la expresión de los transposones no deja de estar regulada en el tejido tumoral. Gracias a este estudio demostramos que la expresión de los transposones no es significativamente diferente entre el tejido tumoral y el sano en cada paciente en términos globales. Por tanto, habrá que fijarse en qué pasa con cada uno de los transposones.
